Struktura vstupního textu a požadovaný způsob zapouzdření se specifikuje v konfiguračních souborech (dále jen .hlx souborech), z nichž je vygenerován zapouzdřovač tvořený knihovními parsery a konstruktory, který je možné buď přímo aplikovat nebo uložit pro pozdější použití. Jako příklady jsou k programu přiloženy ukázkové .hlx soubory se zapouzdřovači zdrojových textů pro jazyky Prolog, C/C++, Pascal, Java a rovněž pro konfigurační soubory programu HiLex samotné.
Zpracování zdrojových textů se potom provádí buď po zavedení vygenerovaného zapouzdřovače do interpretu Prologu nebo externě použitím shellových skriptů spouštějících SWI Prolog.
Uživatelská dokumentace obsahuje specifikaci formátu .hlx souboru a stručný popis vstupního bodu programu. V další části je stručně popsán způsob implementace programu a použití jednotlivých částí knihovny.